Julia 语言 聚类算法基础实现

Julia阿木 发布于 25 天前 7 次阅读


摘要:

聚类算法是数据挖掘和机器学习中的重要工具,它能够将相似的数据点分组在一起。本文将围绕Julia语言,探讨聚类算法的基础实现,包括K均值聚类、层次聚类和DBSCAN聚类等算法,并分析其在Julia语言中的实现细节和性能特点。

关键词:Julia语言;聚类算法;K均值;层次聚类;DBSCAN

一、

聚类算法是数据挖掘和机器学习领域中的一种无监督学习方法,它通过将数据点划分为若干个簇,使得簇内数据点之间的相似度较高,而簇间数据点之间的相似度较低。Julia语言作为一种高性能的编程语言,在科学计算和数据分析领域有着广泛的应用。本文将介绍在Julia语言中实现几种常见的聚类算法,并对其性能进行分析。

二、K均值聚类算法

K均值聚类是一种基于距离的聚类算法,它将数据点划分为K个簇,使得每个数据点到其所属簇的质心的距离最小。

julia

function kmeans(data::Array{Float64,2}, k::Int)


初始化质心


centroids = data[rand(1:size(data,1)),:]


for _ in 1:100


计算每个数据点到质心的距离


distances = map(x->euclidean(x, centroids), data)


分配数据点到最近的质心


clusters = argmin(distances, 2)


更新质心


centroids = map(c->mean(data[clusters .== c, :], 1), unique(clusters))


end


return centroids, clusters


end

计算欧几里得距离


function euclidean(x::Array{Float64,1}, y::Array{Float64,1})


return sqrt(sum((x - y).^2))


end


三、层次聚类算法

层次聚类是一种基于层次结构的聚类算法,它通过合并或分裂簇来构建一个聚类树。

julia

function hierarchical_clustering(data::Array{Float64,2}, linkage::Symbol)


初始化距离矩阵


distances = pairwise(EuclideanDistances(), data)


初始化聚类树


tree = ClusterTree(data, distances)


根据连接方式构建聚类树


while length(tree.children) > 1


if linkage == :single


最短距离连接


_, idx = findmin(distances[tree.children[1].index, tree.children[2].index])


merge!(tree, tree.children[idx])


elseif linkage == :complete


最长距离连接


_, idx = findmax(distances[tree.children[1].index, tree.children[2].index])


merge!(tree, tree.children[idx])


elseif linkage == :average


平均距离连接


_, idx = findmin(sum(distances[tree.children[1].index, tree.children[2].index], 1))


merge!(tree, tree.children[idx])


end


end


return tree


end

计算两两之间的距离


function pairwise(f::Function, data::Array{Float64,2})


n = size(data, 1)


distances = zeros(n, n)


for i in 1:n


for j in i+1:n


distances[i, j] = distances[j, i] = f(data[i, :], data[j, :])


end


end


return distances


end

聚类树节点


struct ClusterNode


index::Int


children::Array{ClusterNode,1}


end

聚类树


struct ClusterTree


data::Array{Float64,2}


distances::Array{Float64,2}


children::Array{ClusterNode,1}


end


四、DBSCAN聚类算法

DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)是一种基于密度的聚类算法,它能够发现任意形状的簇,并识别噪声点。

julia

function dbscan(data::Array{Float64,2}, eps::Float64, min_samples::Int)


clusters = []


for i in 1:size(data, 1)


if !visited[i]


neighbors = region_query(data, i, eps)


if length(neighbors) < min_samples


noise[i] = true


else


cluster_id = length(clusters) + 1


expand_cluster!(data, clusters, neighbors, cluster_id, eps, min_samples)


end


end


end


return clusters


end

查询给定点的邻域


function region_query(data::Array{Float64,2}, point::Int, eps::Float64)


neighbors = []


for i in 1:size(data, 1)


if i != point && euclidean(data[point, :], data[i, :]) < eps


push!(neighbors, i)


end


end


return neighbors


end

扩展聚类


function expand_cluster!(data::Array{Float64,2}, clusters::Array{Array{Int,1},1}, neighbors::Array{Int,1}, cluster_id::Int, eps::Float64, min_samples::Int)


push!(clusters, [cluster_id])


visited[neighbors] = true


while true


new_neighbors = []


for neighbor in neighbors


if !visited[neighbor]


new_neighbors = union(new_neighbors, region_query(data, neighbor, eps))


end


end


if length(new_neighbors) == 0


break


end


push!(clusters[cluster_id], new_neighbors)


visited[new_neighbors] = true


neighbors = new_neighbors


end


end

检查点是否已访问


visited = falses(size(data, 1))


检查点是否为噪声


noise = falses(size(data, 1))


五、结论

本文介绍了在Julia语言中实现K均值聚类、层次聚类和DBSCAN聚类算法的基本方法。通过这些算法的实现,我们可以更好地理解聚类算法的原理和Julia语言在数据挖掘和机器学习中的应用。在实际应用中,可以根据具体的数据特点和需求选择合适的聚类算法,以达到最佳的聚类效果。

参考文献:

[1] Hartigan, J. A. (1975). Clustering algorithms. John Wiley & Sons.

[2] Ester, M., Kriegel, H. P., Sander, J., & Xu, X. (1996). A density-based algorithm for discovering clusters in large spatial databases with noise. In Proceedings of the 2nd international conference on Knowledge discovery and data mining (pp. 226-231).

[3] Han, J., Kamber, M., & Pei, J. (2011). Data mining: concepts and techniques. Elsevier.